Thomas Emlyn était un Théologien cultivé, pas moins distingué par ses talents et son intégrité, que par la fermeté avec laquelle il endura la persécution par égard de sa conscience. Il fut l'un des premiers parmi les dissidents protestants qui eut le courage de déclarer en public ce qu'il ne croyait pas au sujet de la doctrine de la Trinité. Le si noble exemple qu'il instaura fut suivi, timidement et avec réserve en effet dans certains cas, mais ouvertement déclaré dans d'autres, par beaucoup de ses Frères dans le ministère parmi les dissidents protestants. Le nombre de Pasteurs en liaison avec le corps presbytérien, qui embrassèrent les opinions anti-trinitaires et ariennes au commencement du dernier siècle, et qui était dans le cours de leur éducation avant 1710, fut montré, par le Révérend Joseph Hunter, F.S.A., pour être considérable. Personne ne peut douter, que ce résultat est dû, dans une grande mesure, aux influences éducatives sous lesquelles leurs esprits furent formés, dans des séminaires tels que ceux pour lesquels M. Emlyn fut lui-même formé pour le ministère chrétien.  

Il est né à Stamford, dans le Lincolnshire, le 27 mai 1663, et est représenté par le Dr. James Foster, qui se plut en sa compagnie et offrit un durable tribut pour sa mémoire en prêchant son sermon funéraire, comme ayant eu, "Dès la première période de vie, de sérieuses et fortes impressions de religion sous son esprit, qui ne furent pas admises avec enthousiasme ni dérivant de terreurs machinales et superstitieuses". Le non de son frère était Sylvester Emlyn, ou Emley, comme il écrivit à l'origine le nom, un homme d'une grande pureté et honnêteté, qui possédait un petit état dans le voisinage de Stamford, qu'il conserva dans ses propres terres et pour son propre management. Le nom de jeune fille de sa mère était Mildred Dering. Elle était la fille de M. John Dering, prêt de l'ancien village de Charing, dans le Kent, et était une femme de piété et de bienveillance, qui aussi bien possédait des capacités naturelles que des connaissances culturelles. Thomas Emlyn, leur fils, fut envoyé en tant qu'étranger à l'école de M. Boheme, de Walcot, prêt de Folfingham, dans sa onzième année, et resta ici quatre années. Le desservant de la paroisse à cette période était le Révérend Richard Brocklesby, un Prédicateur populaire, qui fut le Ministre qui s'occupa du jeune Emlyn aussi longtemps qu'il resta à l'école. Ses parents eurent des rapports  proches avec le cultivé et estimable Dr. Richard Cumberland, alors Ministre de Stamford et par la suite Évêque de Peterborough, bien que les membres de l’Église d'Angleterre, et régulièrement sous ses services, étaient aussi très amicaux des principes des dissidents, qu'ils déterminèrent en élevant leur fils comme un Théologien non-conformiste, et leur principale raison de faire ainsi était le fait, qu'un esprit plus sérieux et pénétré prévalait plus parmi les dissidents, que parmi les membres de l’Église établie. 

Après avoir reçu le fond de travail nécessaire à l'école, il fut envoyé pour une éducation académique, dans l'année 1678,  vers le Rév. Jean Shuttlewood, A. B., qui gardait un séminaire à Sulby, prêt de Welford, dans le Northamptonshire. Il resta sous le soin de M. Shuttlewood quatre années de plus, mais il apparaît qu'il ne fut pas totalement satisfait de l'état des pensées dans cette académie des gentlemen, car en 1678, Il alla à Cambridge, et fut admis dans le collège Emmanuel. Il fut induit, cependant,  pour une certaine raison, qui n'est pas établie par ses biographes, d'aller vers les avantages d'une éducation universitaire, et fut placé de nouveau sous la charge de M. Shuttlewood, avec qui il resta jusqu'à l'automne 1682. Il devint alors un étudiant dans l'académie du Rév. Thomas Doolittle, A.M., d'abord à Islington, puis à Clapham, et ensuite à Battersea, où il apprécia de grandes facilités d'améliorations, par l'esprit des livres et des conversations littéraires. Mais trouvant que la sphère dans laquelle il vivait n'était pas suffisamment large, et percevant que M. Doolittle, bien qu'un estimable et diligent Théologien, n'étant pas remarquable soit pour l'étendue de ses connaissances, ou la profondeur de l'esprit, il décida de rentrer aussitôt, bien qu'alors dans son jeune âge de dix neuf ans, dans les labeurs du ministère, et prêcha son premier sermon à la maison de rencontre de M. Doolittle, prêt de Cripplegate, le 19 décembre 1682. 

Dans l'année suivante, il succéda au Rév. Joseph Boyse, comme Chapelain dans la famille de la Comtesse de Donegal, une femme d'une large propriété terrienne dans le nord de l'Irlande, mais alors vivant dans Inn Fields de Lincoln. A la période qu'il entreprit cette fonction, cette femme avait à l'idée de retourner en Ireland, mais elle resta une année supplémentaire en Angleterre, ce qui donna à M. Emlyn l'opportunité d'être témoin de l'exécution du Seigneur William Russel, qui faisait un sacrifice pour la bonté et le tempérament vindicatif du Duc de York, après Jacques II., et dont on peut vraiment dire qu'il a tué un martyr pour la cause de la liberté de son pays.

Dans l'année 1684, M. Emlyn accompagna la Comtesse et sa famille pour Belfast. Il reçut d'elle une très belle pension, et fut traité par elle, autant que par William Franklin, qu'elle épousa peu de temps après, avec le plus grand respect possible. Bien que dans cette situation, il apparaît qu'il eut un nombre d'amis parmi le clergé de l’Église établie, et en effet il eut une permission de l’Évêque du diocèse, dans lequel sa patronne résidait, pour prêchait facultatis exercendea gratid, ce qui donna l'occasion à ses Frères dissidents de suspecter qu'il avait changé ses sentiments, en allant vers l’Église. Mais son refus d'accepter la vie qui lui fut proposée dans l'ouest de l'Angleterre par Monsieur William Franklin, en raison qu'il n'était pas satisfait avec les termes de la conformité ministérielle, était une preuve que ses premières impressions restaient inchangées, et une visite qu'il fit bientôt à Dublin, et durant laquelle il prêcha à la congrégation dissidente dans Wood Street, contribua, pas qu'un peu, à supprimer les doutes de ses amis anxieux qui connaissaient son travail, et étaient conscients qu'en lui la cause dissidente aurait perdu le plus capable et éloquent avocat.  

Ses services étaient si bien reçus par la congrégation pour laquelle il prêchait à Dublin, que peu de temps après avoir quitté  la famille de la Comtesse de Donegal, il fut invité pour succéder à M., puis après au Dr. Daniel Williams, qui s'était retiré pour l'Angleterre, et pour devenir le co-Pasteur avec le Rév. Joseph Boyse. Cette invitation, à cette période il l'a déclina et retourna à Londres dans le mois de décembre 1688, où son grand talent pour un temps resta totalement inemployé. 

Son fils nous informe, que, lors de son séjour entre l'Ireland et à Londres, à plusieurs reprises il accepta l'invitation de prêcher dans la paroisse des églises des quelques villes par où il passa, particulièrement Liverpool. 

Dans le mois de mai 1689, il fut retenu par Monsieur Robert Rich, un des Seigneurs de l'amirauté qui l'avait invité à sa maison de Beccles, pour officier comme Ministre dans une petite congrégation de protestants dissidents à Lowesttoft, dans le Suffolk. C'est durant sa résidence dans ce lieu qu'il lia une amitié avec le Révérend William Manning, de Peasenhall ; une amitié, qui probablement amena cet important changement de sentiments, qui  prirent ensuite place dans son esprit. Ils avaient pour habitude de converser sur des sujets religieux et d'exprimer leurs opinions respectives, et comme la doctrine de la Trinité était alors le sujet qui dominait pour la controverse, ils étaient naturellement disposés à transmettre une certaine attention sur une question ainsi généralement discutée. Le résultat de leur examen fut, que M. Manning se mit à croire dans la simple humanité de Christ ; et M. Emlyn s'installa dans une sorte d'arianisme, dont il n'apparaît pas qu'il quitta par la suite, bien qu'il se classe lui-même sous le titre général d'unitarien, dans ses publications. 

La principale raison du retour de M. Emlyn en Angleterre fut la réception du Roi Jacques II. sur la côte Irlandaise, en 1688, qui laissa tout la pays dans une grande confusion, mais quand ce faible et bigot Monarque s'enfuit en France, et que les affaires tendaient à s'installer en Ireland, les Théologiens non-conformistes rassemblèrent de nouveau leurs congrégations en grand nombre, et M. Emlyn fut invité pour devenir co-Pasteur avec M. Boyse. Pour cette seconde invitation il fut conduit, par une perspective d'une large sphère d'utilité, d'accepter, et par conséquence, en mai 1691, il entreprit l'importante charge qui lui incombait, suspectant un peu que l'acceptation de cette situation  l'exposerait à souffrir, comme par la suite il l'expérimenta. Mais lui était-il possible d'anticiper tout ce qui lui arriverait ? Ici il n'y a aucune raison de supposer que son cœur souhaitait se dérober de ce qui se passerait, ou que son courage l'aurait un moment abandonné. 

Dans cette congrégation, il continua plusieurs années a s'acquitter fidèlement de ses devoirs, et en 1694, il se maria avec Melle Esther Bury, une femme de bonne appartenance et de valables liaisons, qui fut conduite, par la célébrité de M. Emlyn, à quitter l’Église établie, et devenir l'une de ses auditrices. De sa situation heureuse, il expérimenta tous les conforts qu'il désirait, excepté peut-être que sa conscience n'était pas parfaite pour les affaires liées aux différences d'opinions sur la doctrine de la Trinité, qui existaient entre lui et sa congrégation. 

Sa croyance dans la Trinité fut d'abord perturbée durant sa résidence à Lowestoft, par la lecture de "Revendication" du Dr Sherlock pour cette doctrine et les arguments qu'il  discutait avec son ami M. Manning. Il eut par la suite des confirmations pour ses doutes, par l'étude des écrits controversés de M. Howe sur le même sujet. Faisant allusion à son changement de sentiments, dans ses narrations pour les procédures des Ministres dissidents de Dublin contre lui, et pour son débat dans la cour séculaire, (Sect, ii.), il dit, "Je dis que je n'ai pas été bougé dans mes notions à la période que j'ai lu le livre sur la Trinité du Dr. Sherlock, lequel découvrait combien il était retourné vers le polythéisme : j'ai souvent avéré que je pouvais faire avec certaines tournures sabelliennes, rendant quelque peu la Trinité dans une seule pensée. Je trouve que par le schéma du tri-théisme du Dr. Sherlock et de M. Howe, je préfère réserver une Trinité, mais je perds l'unité. Par le système sabellien des modes, subsistances, propriétés, etc., je préfère garder la divine unité, telle comme l’Écriture le découvre, ainsi je ne peux jamais conserver les deux dans la même vue. Mais après une plus sérieuse réflexion et une étude des Saintes Écritures, avec beaucoup de messages concernant le Père des lumières, je trouve de grandes raisons pour en premier douter, et après, par degrés, modifier mon jugement qui s'y rapporte, pour fermement recevoir les opinions de la Trinité et la suprême déité de notre Seigneur Jésus-Christ." Il ne dit pas qu'il a fait sa raison le juge de sa foi, mais de l'avoir exercé plus simplement en vue de juger la signification de l'autorité écrite, ou parole de Dieu, et en adoptant ce plan, il fut amené à former des notions, différentes de celles pour lesquelles il avait été instruit, bien que pas totalement en accord avec celles soit d'Arius ou de Socin.

Ce changement de sentiments rendait sa position quelque peu douloureuse pour lui, et bien que studieusement il réfrénait à attaquer les idées des autres, que leurs idées s'approchaient plus du standard orthodoxe que les siennes, il était également prudent en n'avançant pas d'idées, dans ses discours publics, pour lesquelles son jugement et sa conscience ne pouvaient pas approuver. Il a rarement, ou jamais, introduit des sujets de controverses au pupitre, pensant qu'il était mieux, à part toutes considérations d'une nature prudente, de se confiner principalement à des sujets qui avaient pour objectif de promouvoir les intérêts de la piété et de la vertu. 

Écrivant à son ami, M. Manning, le 1^er avril 1697, il dit, "Je ne mêle pas de n'importe quel but pratique en prêchant, c'est-à-dire, l'Agenda et petenda, et seulement pour le credenda comme ils sont contenus dans le Credo des Apôtres ? Je commence à penser, que la grande part de la controverse divine au sujet des alliances, etc., est plus ressemblante  aux hypothèses philosophiques et théories variées, où les hommes dans les ténèbres sont contents avec leurs ingénieuses romances, et s'ils peuvent maintenir ainsi les matières comme elles peuvent être, ils concluent rapidement qu'ils sont et doivent être, sans autorité, ce qui, dans ma religion ne doit pas se passer. Il n'y a rien que je désire plus sincèrement que le droit de connaître les vérités importantes, et c'est une certaine satisfaction, dont je suis sûr, que je ne suis pas biaisé par intérêt, ou d'aimer l'estime temporelle, et si quelqu'un ère involontairement au sujet du béni Jésus, je dois espérer qu'il puisse être pardonné, qu'il devrait sincèrement me peiner pour promouvoir n'importe quelle chose de la sorte qui me fait penser que les nuages et la noirceur qui nous entourent et les autres, faisant que ce monde est une indésirable scène de confusion. Que je puisse connaître Dieu et Christ, aussi bien de les aimer, et être transformé dans une divine ressemblance! Et alors sûrement il y a le souhait que le jour viendra, quand ce qui est imparfait sera supprimé".  

Dans les environs de la période que cette lettre fut écrite, M. Emlyn avait quelques idées pour déclarer ouvertement ses sentiments en relation avec la Trinité, et se retira de sa fonction de Ministre pour la congrégation de Wood Street ; "car," disait-il, dans une lettre pour M. Mainning, du 18 janvier 1697, '"Je ne peux pas espérer continuer ici dans mon poste actuel, comme quand je l'ai déjà professé". Encore il doutait, s'il devait abandonner une position d'utilité qui n'était pas interrogeable, à moins qu'une certaine occasion arrive, l'appelant impérativement à faire un établissement public et explicite de ses vues modifiées. Il décida, cependant, à cette même période, d'embrasser la première opportunité de cette sorte qui se présenterait : "Car j'ai toujours été opposé," disait-il, "à n'importe quelle complaisance contre ma lumière sur les sujets sacrés".

Il pensa continuer dans cette position pour finir le dix septième siècle. Jusqu'alors, peu de Ministres avaient été plus respectés et crus, et rares étaient les hommes plus heureux dans les relations sociales et vies domestiques. Mais la scène allait maintenant changer. Dans l'année 1701, son bonheur s'interrompit soudainement avec la perte de sa femme, dont pour l'occasion de cette mort il prêcha un sermon sur Jean XIV 28, "Si vous m'aimez, vous devriez vous réjouir, parce que je dis je vais vers le Père : pour moi le Père est plus grand que moi". Cette perte fut une grave épreuve pour lui à cette période, mais dans l'année 1703, quand il publia le sermon de la mort de sa femme, sous le titre de "Consolations funéraires", il fit l'observation dans la préface, que c'était une préparation passagère pour davantage d'épreuves qui l'attendaient, et de les porter avec un esprit de résignation et chrétien, en lui faisant aimer l'espoir pour le futur, en le réconciliant pour mourir, comme le moyen d'y accéder. "Comme pour cette dispensation de providence", disait-il, "laquelle occasionna ce sermon, je fais ici, avec grande révérence et satisfaction, la juste sagesse du suprême Seigneur de vivre et de mourir, par cet appointement, selon l'observation des prophètes, les hommes droits et bons sont enlevés du mal à venir. Car considérant que ce fut dans le sein de la providence, et si prêt de sa naissance, je ne peux la compter comme une apparente désignation de clémence pour elle, qui est décédée, qu'elle devrait être emmenée dans un paisible refuge, avant qu'une furieuse tempête mortelle se lève, qui peux avoir rendu de cruelles impressions pour une disposition si douce et tendre. Mais elle fut gardée en paix dans sa tombe, qu'elle ne puisse pas le voir. Néanmoins, par un tel reproche, si adapté pour attaquer la racine de tout amour et délice terrestre, le sage Dieu pouvait grandement le préparer à survivre, pour mieux endurer ses épreuves approchantes: puisque par conséquence ni la prospérité ni l'adversité de ce monde, ne pourrait être une grande tentation pour une personne, qui avait moins de raisons que jamais pour aimer cette vie, et une si forte admonestation, ne cherchant jamais son contentement du côté de Dieu et du Ciel. 'Seigneur, que dois-je attendre? Mon espoir est en toi'".

Maintenant les afflictions devinrent nombreuses et mauvaises pour lui, car non seulement  il perdit un aimé et prometteur enfant peu de temps avant, mais environ six semaines après, il plut à Dieu d'appeler pour son compte son excellente mère. Pour ces successives épreuves il fit allusion à ses sentiments, dans une lettre adressée à une relation en Angleterre, qui lui avait communiqué ses sentiments sur la mort de sa mère. "Je trouve par vous," il écrivit, "que le Dieu sage prend plaisir de m'appointer peine sur peine, en enlevant une tendre et excellente mère si peu de temps après la perte d'une plus aimable et aimante femme. Dans cette année j'ai perdu (si je peux dire ainsi pour la mort de la justice) un désirable jeune enfant, une femme et une mère, ce qui est suffisant pour m'enseigner la vanité de toutes les choses présentes et de conduire mes idées et désirs dans ce monde, s'ils sont traduits". 

Ces calamités, cependant, étaient les précurseurs d'autres, qui étaient plus pénibles en soit que la mort pouvait être. L'enlèvement de sa femme et de sa mère les sauvait du poids de la peine, si elles avaient vécu quelques mois de plus, lesquelles avaient incliné leurs esprits apaisés pour la terre et aggravé à un degré décuplé ses propres souffrances. Dans la moitié d'une année, de la période à laquelle il écrivit la lettre ci-dessus, il devint la victime d'une série de persécutions, qui n'ont presque rien de comparable dans les annales de la bigoterie religieuse. La raison de cette invasion additionnelle sur ses bonheurs était la suspicion, qu'il avait embrassé des notions sur la Trinité, qui contrariaient celles considérées orthodoxes, et la personne qui fut le premier instrument à élever la foule et les cris contre lui était le Dr. Duncan Cummin, un célèbre Médecin de Dublin et un membre de sa propre congrégation. Ce gentleman avait été élevé pour le ministère, qui probablement le rendit plus vite perspicace à détecter toutes les petites arrivées dans la voie de l'orthodoxie, qu'il pourrait en avoir été autrement. En observant, que M. Emlyn évitait du pupitre l'utilisation de certaines expressions bien connues, et les arguments usuellement employés en défense de l'idée commune pour la Trinité, ses suspicions s'éveillèrent, et ayant parlé du sujet avec M. Boyse, ils décidèrent de l'appeler, dans le but qu'il affirme ses réels sentiments. A cette période, il apparaît, que personne d'autre que le Dr. Cummins avait la moindre idée de l'hétérodoxie de M. Emlyn, mais pour la curiosité de cet homme, alors les matières pouvaient être poursuivies très loin, sans aucune suspicion de la part des autres membres de la congrégation.

Etant exhorté de statuer sur l'état de ses opinions actuelles, M. Emlyn se pensa lui-même pour être lié, en tant que Chrétien, de les déclarer ouvertement et sans réserve. Il admit, cependant, immédiatement, qu'il croyait que le Dieu et Père de notre Seigneur Jésus Christ est le seul Être suprême, et que le Fils a toute autorité et puissance de lui seulement. Mais aussi, il établit, que s'il était détestable pour la congrégation sur le compte de ses opinions, qu'il souhaitait immédiatement démissionner et leurs donner la possibilité de choisir un autre Ministre, dont les vues seraient plus en accord avec les leurs. Cette méthode simple et facile de replacer la question lui fut refusée ; car M. Boyse, pensant que l'accusation portée contre son co-Pasteur était d'une nature trop sérieuse pour être placée sur lui-même et la congrégation, rassembla les Pasteurs de Dublin, qui immédiatement exigèrent, que M. Emlyn ne devait plus longtemps être autorisé à prêcher, ainsi s'efforçant d'apporter sur lui la disgrâce et détruire sa réputation comme Ministre de l'évangile. Sur cela, il ne perdit pas de temps à rassembler les Diacres de la congrégation, et arrêta sa fonction, ce qui amena de fortes expressions de regret, de la part non seulement de plusieurs de ses auditeurs réguliers, mais même, comme il a été dit, du Dr Cummins lui-même, qui probablement intentait rien de plus, que d'obtenir de son Pasteur une formelle rétractation. Cependant, si tel était son objectif, les évènements prouveront, qu'il avait formé une estimation incorrecte sur son caractère, avec qui, il avait affaire.

Quand M. Emlyn annonça aux Diacres et autres principaux membres de sa congrégation, son intention de dissoudre le lien qui subsistait depuis si longtemps et si heureusement entre eux et lui-même, en résiliant sa charge pastorale, il était entendu, qu'ils seraient satisfaits d'un court retrait de ses devoirs publics, prouvant qu'il voulait s'abstenir de  prêcher pendant l'intervalle. Il fut proposé, cependant, qu'il aille en Angleterre un moment, qu'il puisse pour un temps avoir plus de considération. Cet objectif, cependant, devait être proposé aux Pasteurs de Dublin pour accord, et comme aucune objection ne fut levée de leur part, deux de leur nombre furent chargés d'informer M. Emlyn de leur décision, au même moment de le charger, comme ils l'exhortaient, de ne pas prêcher n'importe où en Angleterre. Pour cet impérieux message il répondit, qu'il n'avait aucune intention de prêcher sur les questions discutées entre lui et ses frères Ministres où il pourrait aller ; mais qu'en l'interdisant de prêcher, ils assumaient une autorité pour laquelle ils n'avaient pas de droit, et qu'il pensait être même raisonnable pour une question de prohibition contre eux, telle qu'eux avaient eu envers lui. Sur ceci, ils dirent leurs intentions d'écrire aux Pasteurs de Londres sur le sujet, ce à quoi il répondit, qu'ils devraient user de leur propre discrétion, se réservant de pouvoir faire de même. 

Il apparaît, qu'un des deux messagers, qui était le porteur du dictum ministériel déjà mentionné, était de persuasion Indépendante, qui porta M. Emlyn à dire, dans son "Narration sur les procédures" contre lui, - "Si les presbytériens et les indépendants réclament une puissance telle comme celle-ci, non seulement pour rejeter de leur propre communion, et pour enlever de leur fonction, tels les Pasteurs des autres Églises qui alors consciencieusement différaient d'eux dans leurs opinions, et d'étendre ceci aux autres royaumes, les interdisant de prêcher ici aussi : je pense qu'ils ont une puissante vanité pour leur propre et large domination, et se découvrent une très ridicule ambition. Il se demanda qui leur avait donné cette souveraine puissance de renverser leurs Frères, plus que le Pape avec sa puissance revendiquée pour renverser d'autres sortes de personnes ; nenni, qui a même entendu, dans l’Église primitive, qu'une telle étrange créature comme un presbytère composé de presbytériens de plusieurs et différentes Églises ?"

M. Emlyn, cependant, ayant consenti, par amour de la paix, de se retirer pour un temps, embarqua pour l'Angleterre le jour même qui suivit, avec  grand inconvénient pour lui-même et sa famille. Mais il n'avait pas quitté Dublin, qu'aussitôt, une clameur se leva contre lui et ses opinions étaient attaquées, où il l'espérait le moins, du pupitre. "Et maintenant", dit-il, "j'ai loisir de regarder en arrière, car quand un si petit nombre de jours avait fait un si grand changement dans ma condition, que j'étais changé pour errer comme un étranger en désolation et dans l'incertitude, je voyais que j'étais entré sur une sombre scène, et plus armé pour diverses choses, bien que je ne connaissais pas les épreuves. Quelles étaient alors les œuvres de mes anxieuses pensées! Que de profondes réflexions et de noirs présages! Que de conflits de l'esprit! Que de cris et de larmes devant le Dieu de toutes les sagesses et conforts, ce qui est mieux connus de celui qui voit en secret. Je ne peux m'interdire de dire souvent avec errance de David l'affligé, 'Si je trouve faveur dans les yeux du Seigneur, il me ramènera en arrière pour voir son arche et sa demeure ; mais s'il dit, je n'ai trouvé aucun plaisir en toi, je reste ici, laissez faire comme bon lui semble'. Je n'ai pas été d'une nature si insociable pour ne pas savourer la société et l'amour de mes chers frères, ni insensible aux douleurs d'une violente séparation, ni même encore si mortifié pour le monde, comme pour ne pas sentir une certaine petite différence entre mépris et respect, entre ampleur et situation difficile : mais mes convictions pour la vérité sont toujours aussi claires, que ces choses n'ont jamais bouleversé ma résolution d'adhérer à elles, au milieu de tous les découragements".  

Étant informé, que certains de ses Frères parmi les presbytériens dissidents de Dublin avaient donné en public ses sentiments au sujet de la manière et l'union entre Dieu et Christ, et avaient ainsi levé une violente clameur contre lui, il dressa, et édita, "Le cas de M. E en relation de la différence entre lui et certains Ministres dissidents de la ville de D. lequel suppose pour être une grande incompréhension". Ceci fut publié dans Londres, dans les environs du mois d'août 1702, et, avec "Un avertissement d'une autre main", occupait la sixième place dans la "Quatrième collection des tracts unitariens". En réponse à ceci, des Pasteurs de Dublin publièrent leur propre déclaration, dressée par M. Boyse, et intitulé, "La différence entre M. E et les Pasteurs dissidents de Dublin véritablement représentée". La substance de cette déclaration et la sienne furent par la suite rattachées par M. Emlyn à son "Véritable récit", en ordre que le lecteur puisse comparer les deux comptes-rendus, et former un impartial jugement sur les points en question entre lui-même et ses frères dans le ministère. 

Après une absence d'environ dix semaines en Angleterre, malgré la décourageante intelligence qu'il reçut de Dublin, il pensait qu'il était nécessaire de retourner à sa famille, et en ordre de mettre le public en possession du vrai fond de ses opinions, il écrivit son, "Humble recherche dans les Écritures sur Jésus Christ", essayant de repartir pour l'Angleterre peu de jours après son impression. Mais un célèbre officiant d'église parmi les baptistes, du nom de Caleb Thomas, étant informé de son désir pour retourner à Londres, obtint un mandat spécial du Seigneur en Chef de Justice, monsieur Richard Pine, pour le saisir et ses papiers, et lui même accompagna la gardien de Newgate, pour voir le mandat exécuté. C'était en février 1702/03, mais sur le compte des difficultés ressenties par ses opposants en formulant une indication contre lui, son procès fut différé jusqu'au mois de Juin suivant, et durant l'intervalle, deux de ces frères eurent une certaine reconnaissance envers lui, pour une caution de huit cent livres. La large quantité de garanties indiquait que l'accusation contre lui n'était pas qu'une pensée légère, un fait, qui par la suite corrobora avec ce qui fut dit par un gentleman de longue robe, qu'il ne serait pas autorisé à se défendre lui-même, "Mais cela fut conçu pour l'exécuter comme pour un loup, sans loi ou jeu".

M. Emlyn apparaît pour prendre son procès en pleine période de la Trinité 1703, mais on lui dit que l'établissement n'était pas alors fondé, bien qu'il ait plaidé pour l'accusation, et étant pourvu d'une copie. Il apparaît qu'une certaine faille fut découverte, des mots allégués pour avoir été pris de "Humble recherche". Une seconde accusation fut cependant dressée. Mais celle-ci fut abandonnée, sur le compte d'une certaine non-conformité. Une troisième accusation fut alors portée, qui était fondée par le Grand Jury, et le procès arriva le 14 juin. Pour justifier un verdict coupable sur l'accusation, il était nécessaire que le jury  connaisse et soit absolument persuadé, d'abord, que les affirmations et les déclarations attribuées à M. Emlyn ne soient pas seulement fausses, mais impies, et non seulement fausses et impies, mais aussi blasphématoires et malicieuses dans leur propre nature et colportage, ou dans l'acceptation commune des termes, et qu'elles étaient les affirmations et déclarations actuelles de M. Emlyn. Aucun de ces points ne fut prouvé pendant le procès. En généralité, les Théologiens importants, anciens et nouveaux, affirment que le Père est le principe, la cause et la source du Fils et de l'Esprit, d'où ils ont leur essence et divinité, et dans ce respect cela assure que le Fils et le Saint Esprit ne sont pas égaux au Père. M. Emlyn et les Ministres de Dublin étaient d'accord, comme il dit, que Dieu est un être infini, nécessaire, parfait et suprême, ou esprit, avec une compréhension et volonté, qui est le seul objet de culte: et qu'il ait d'une manière ineffable uni à l'homme Jésus Christ, demeurant et agissant en lui par une influence perpétuelle et fixe, comme le principe directeur. Mais il différait d'eux sur la manière de cette union.  Il la concevait pour être plus pour l'honneur de Jésus Christ,  supposant la Déité, dans sa pleine conception, étant uni à lui, et demeurant et opérant en lui, que de supposer seulement une partie de Dieu, ou que Dieu soit partiellement considéré: et il tenait ceci pour être la pleine doctrine de l’Écriture, qui dit, "en lui demeure toute la plénitude de la divinité" (Col. 2: 9) , aussi bien pour Jésus Christ lui-même, qui expressément affirmait, que le Père demeure en lui et fait les œuvres. (Jean 14: 10.) La question à se poser était, si l'union était une qui soit strictement personnelle, donc de rendre Dieu et l'homme Christ Jésus un et la même personne. Les vues affirmatives pour cette question furent prises par les Ministres de Dublin et les négatives par M. Emlyn. Mais rien ne peut être plus la vérité, que M. Emlyn, soit par parole de bouche, ou dans ses écrits publiés, n'avança rien qui tentait de déshonorer ou dégrader Jésus Christ, duquel il parle uniformément avec le plus grand respect possible et révérence. De plus, il ne peut être dit, que ces affirmations et déclarations sur ce sujet, à n'importe quel moment, partagent la nature du blasphème et de l'impiété, sur la claire et légitime construction de ces termes. Mais de porter ceci entièrement en dehors de la question, il se trouve impossible, pour le procès, de prouver que M. Emlyn était l'auteur de ce livre, pour lequel les poursuites furent fondées.  

L'accusation le chargea d'avoir écrit et provoqué l'impression, d'un livre, intitulé "Humble recherche dans les Tritures sur Jésus Christ". Ce n'était pas suffisant, cependant, pour justifier le verdict coupable, qu'il provoqua son édition et sa publication. On devait prouver qu'il l'avait écrit, et cette preuve était manquante. Ne trouvant aucune preuve qu'il en soit l'auteur, un messager fut dépêché pour M. Boyse, qui, étant examiné sur le sujet et la matière des discours publics des co-Pasteurs, admit, qu'il n'avait rien introduit de nature controversée directement du pupitre, "mais seulement certaines choses qui donnent un fond de suspicion", et étant d'avantage questionné, sur ce qu'il avait dit en  conférence privée avec les Pasteurs, il répondit, que les déclarations, qu'il avait faites en présence de ses Frères, "étaient jugées par eux pour être proche de l'arianisme". Mais ceci prouvait seulement une entente entre les sentiments de ce livre et ceux que M. Emlyn avait avoués dans le cours de la conservation. Elle était si étrange la présomption, cependant, dans les yeux du jury, qu'elle avait plus d'influence sur leur décision, que n'importe quelle autre partie de preuve, comme l’Évêque de Kilmore (le Dr. Wttenhall) assurait M. Emlyn, au cours d'une de ces visites privées et amicales, par lesquelles il était honoré de ce Prélat, après avoir été convaincu et emprisonné. Ceci, en effet, sans lui-même ou son défenseur pour tenter sa propre défense, était considéré suffisant pour authentifier l'accusation contre lui. Le défenseur était même effrayé d'aborder le sujet, et M. Emlyn fut convaincu d'alléguer la diffamation, simplement en raison que le Seigneur Principal de Justice du cabinet de la Reine informait le jury, "qu'une forte présomption était aussi bien une preuve positive". 

Le biographe de M. Emlyn, (qui était son propre fils), attribua la manière arbitraire et dominatrice du Seigneur Principal de Justice Pine, le Juge qui jugeait l'affaire, et qui généralement inclinait pour la modération, en la présence de divers Prélats, parmi lesquels il y avait les Archevêques de Armagh et Dublin. Sa Seigneurie était accoutumée de faire de larges professions de modération parmi ses amis sur ce côté de la chaîne, dont il n'y a aucune raison de douter qu'il était sincère dans ces professions ; mais percevant qu'en intimidant le défenseur et le jury, il ferait ce qui se prouverait acceptable pour les dignitaires de l’Église qui étaient présents au procès, il passa toutes les usuelles bornes du décor judiciaire, et, à la conclusion de cette accusation, donne au jury une significative intimation, que s'ils amènent un verdict d'acquittement, "Mes Seigneurs les Évêques sont ici". 

Peut-être que le jury ne devait pas être blâmé davantage, car donnant du crédit au Juge qui présidait, que certaines closes dans le livre étaient criminelles et blasphématoires pour la loi commune, mais qu'ils étaient assurément censurables pour ne pas exercer leur propre jugement sur le sujet, et acquitter M. Emlyn, sur fond d'insuffisance de preuve. Alors tel que leur verdict fut et pour la libéralité croissante de ces périodes, cela peut avoir fourni un précédent pour les poursuites et la ruine des hommes les plus enseignés des deux royaumes, pour ne rien dire de cette tendance à justifier, ou au moins à pallier, la persécution, par les catholiques romains, pour tout ce qui diffère consciencieusement et sur des fonds scripturaux de leur propre communion, et de rendre incertaines les positions du protestantisme, en donnant un coup mortel au principe du jugement privé et du libre questionnement.  

Quand, après une courte délibération, le verdict coupable fut annoncé, le Procureur Général exprima un souhait, que M. Emlyn puisse "avoir l'honneur du pilori:" mais la sentence fut différée, et il fut commis à la prison commune, jusqu'au 16 juin, qui était le dernier jour du terme. Dans le même temps, M. Boyes, consterné du résultat de sa propre immodération, se lamentant d'avoir pris une part si active et proéminente sur le sujet, vint à montrer certains sentiments à l'égard de M. Emlyn, et usa son intérêt en évitant l'affliction d'une si dégradante punition comme priée par le Procureur Général. Il fut suggéré à M. Emlyn, qu'il ferait bien d'adresser une lettre de supplique au Seigneur Principal de Justice, et en conformité avec cette suggestion, il écrivit les lignes suivantes en prison pour sa Seigneurie.

"Mon Seigneur, 

Bien que votre Seigneurie peut me juger coupable d'une faute pour laquelle vous ne pouvez admettre d'excuses, encore je peux présumer sur votre compassion, comme pour avoir laissé offrir quelque chose par voie de mitigation : je dois assurer votre Seigneurie, que je n'ai pas de plus grand désire que d'enseigner la vérité des Saintes Écritures, par lesquelles je serai toujours guidé pour être ma meilleure lumière, et si je me trompe dans mes opinions, Dieu sait, que c'est totalement involontaire. C'est indéniable que j'ai saisi mon intérêt, et sacrifié ma réputation dans le monde, et me suis exposé à de tels maux, alors rien ne pourra jamais me soumettre, sauf la crainte réelle d'offenser Dieu ; dont votre Seigneurie, je n'en doute pas, permettra pour une très excellente raison. Je suis prêt à ne rien faire en ce qui concerne mon jugement et ma conscience, mais je suis effrayé de faire ceci par crainte du dommage des hommes, pour lequel, ma conscience peut me suggérer, que Jésus Christ aura honte de moi au grand jour. J'imagine, pour certaines choses qui ont été dites lors de mon procès que votre Seigneurie conçoit que j'ai écrit certaines expressions méprisantes  et des railleries pour le saint Jésus, dont je suis sûr de n'avoir jamais désigné, la totalité du livre étant seulement de montrer le Père pour être pus grand que lui, ne lui refusant aucune gloire en accord avec ceci. J'espère alors le grand et clément Dieu souhaiter plutôt pardonner de nombreuses erreurs de compréhension, qu'un obstiné crime ; ainsi votre Seigneurie souhaite faire une considérable différence entre erreurs discutables, pour lesquelles les hommes enseignés et de probité sont divisés, et d'abusives réflexions sur le Jésus béni, qui sont tentées pour mépriser, dont mon âme n'a jamais abhorrées. Je devrais seulement présumer d'ajouter, que c'est entièrement pour ma conscience que je souffre, ainsi je ne peux jamais être privé du support confortable avec une telle considération qu'elle porte, ayant, j'espère, enseigné certaines mesures pour être conforme à celui qui a enduré la croix, et bientôt qui apparaîtra le juste juge de tous. Connaissant combien plus je dépends de la faveur et de la clémence de votre Seigneurie, pour la faute qui m'est liée, je requière pour elle, et Votre Seigneurie, etc.". 

Sur ce semblant de recevoir une sentence, M. Brodick, l'un des Conseillers de la Reine fit valoir qu'il devrait se rétracter, lequel ayant refusé de le faire, le Seigneur Principal de Justice l'informa, que cette sentence serait, de souffrir une année d'emprisonnement, payer une amande de cent pounds à la Reine, trouver la sécurité pour son bon comportement dans la vie, et le placer en prison jusqu'à ce que l'amande soit payée. Le pilori, il l'avait entendu, était la punition due, mais, sur le compte d'être un homme de lettres, ne fut pas infligé! Il fut alors conduit à la Quatrième Cour, avec un papier de sa propre composition, dans le but d'exposer au public l'odieux, et même ce disgracieux traitement fut entendu par le Seigneur Principal de Justice, comme une clémence, en raison qu'en Espagne ou au Portugal la sentence n'aurait été rien de moins que le brûlage. Après cette exposition publique, il fut reconduit en prison, où il y resta confiné jusqu'à ce que sa peine soit indexée d'une cent soixante dix pounds, en conséquence des sollicitations répétées de M. Boyse, la généreuse interférence de Thomas Medlicote, l'interposition compatissante du Duc de Ormond, et le favorable rapport du Lord Chacellor, M. Richard Cox, qui déclara que de telles amandes si exorbitantes sont contraires à la Loi. 

Mais bien que les propositions d'Emlyn soient devenues ainsi claires, il avait encore à endurer une autre instance de sévérité, qui sûrement aurait pu lui avoir été épargnée par une personne si haute en préférence dans l’Église comme Sa Grâce l'Archevêque d'Armagh (Dr. Narcissus Marsh). Ce Prélat, en tant qu'Officiel de la Reine, revendiqua un shilling par livre sur l'amande de Emlyn, mais au lieu d'une charitable renonciation à son droit de faire cette charge sur toute l'amande, il se satisfit de soixante dix shillings, Sa Grâce précisant le plus extrême,  persista sur M. Emlyn, et ajouta vingt autres aux soixante dix déjà payés à la couronne. "Je pensais" dit M. Emlyn, "que l’Église était aussi clémente que l’État, mais je me suis trompé". Ce traitement, cependant, était seulement une partie de celui qu'il recevrait de la part de ses frères dans le ministère, car durant la totalité de son emprisonnement, du 14 juin 1703, au 21 juillet 1705, pas un d'entre eux, excepté M. Boyes, tenta, avec le minimum possible, de réduire ses souffrances, ou même de réaliser les courtoisies communes de vie, en lui faisant appel. 

Mais, malgré tous les idées et méprisables artifices de ses persécuteurs, M. Emlyn fut après longtemps en mesure de quitter le malheureux pays, dans lequel il avait trouvé si peu de sympathie, et embarqua pour l'Angleterre, heureux, sans doute, de quitter une scène d'une telle souffrance, emportant néanmoins avec lui des sentiments non charitables, et aucun désir de revanche, ou de représailles, pour ses calomniateurs  bigots et intolérants. Ce dernier fait est évident, en ayant supprimé du "Narration" ses souffrances, pour pas moins de quatorze ou quinze années après son retour pour l'Angleterre, et alors, l'ayant envoyé dans le monde plein de sentiments les plus doux, bienveillants et compatissants, destitués de toute invective affûtée, et favorable dans sa construction sur les motifs de ceux, qui avaient été les plus actifs en instigation et réalisation dans la poursuite contre lui. Mais ceci n'était pas tout. La période qu'il choisit pour sa publication était une, qui doit comme il sied être tenue remarquable par tous les vrais avocats de la liberté chrétienne, comme celle dans laquelle les principes des protestants dissidents accomplissait l'un de leurs plus nobles triomphes. Ceci conduit à dire, à la fin de son "Narration,"- "c'est davantage une réjouissance, de voir la lumière d'une importante vérité mise en avant dans beaucoup d'autres parties", (allusion plus particulière pour Londres et l'ouest de l'Angleterre,) "et répandant à l'étranger ses jolis rayons, que Dieu avait élevée de divers autres, assez courageux pour la professer, et assez capables avec son aide de la défendre, je pense, avec des armes de guerre spirituelle, contre celles de grande confidence et dextérité qui sont dans celles qui sont charnelles. Et bien que cela a été ma grande accusation ou misère d'être mis au silence, ainsi que j'avais été quelques fois prêt à me lamenter d'être un serviteur d'aucun profit, détourné de son service au Maître : pourtant si j'ai contribué de n'importe quelle manière pour récupérer l'honneur injurié pour la majesté sans égale du Dieu unique et Père de notre Seigneur Jésus, qui était aussi pour la grande gloire de notre Seigneur Jésus, et si les choses qui me sont arrivées, faisaient tomber au lieu de faire avancer l’Évangile, je ne penserais de moi-même pour avoir été totalement inutilisé, car bien que je préfère toujours les intérêts de la piété, la charité sérieuses et de la pratique sainte, à n'importe quelle spéculation stérile, et d'avoir plutôt un homme qui devrait aimer notre Seigneur Jésus en sincérité, que presque penser de lui comme je le fais, encore si j'avais aussi servi la cause de sa vérité, il peut être dit au-delà de ce que je peux avoir fait, en enseignant seulement aux hommes ce qu'il leur aurait enseigné, parce qu'il n'y aura jamais d'hommes désireux de prendre cette fonction, tandis que moins prendront la part que j'ai portée, pour le hasard de tout ce que le monde compte de cher et de plaisant. Cependant, comme les sujets étaient, je n'ai pas eu de place pour un choix innocent, ni aucune autre part sauf celle qui m'a été laissée, étant jugé indigne, et rendu incapable de tout le reste. Encore, durant mon confinement en prison, comme je souffrais sur le compte de la religion, ainsi je continuais de prêcher ici : j'ai loué une assez grande pièce pour moi, le temps des jours du Seigneur recouraient à certains des débiteurs emprisonnés, et sans porte sont venus plusieurs de mes premières personnes de basses conditions et les usuels auditeurs, qui ne voulaient pas totalement m'abandonner, ni refuser d'adorer Dieu avec moi, ce qui était un grand plaisir dans ma condition. Et si dans l'ensemble je peux me contenter de m'approuver pour le grand Juge et le donneur de prix, je ne suis pas anxieux au sujet des applaudissements ou censures des spectateurs, qui seront jugés eux aussi". 

Les poursuites contre M. Emlyn étaient tellement injustes en soi, le verdict si peu équitable et la sentence si parfaitement disproportionnée pour amener l'offense, que l'attention publique fut portée sur elles des deux côtés de la Chaîne ; et un sentiment universel de dégoût fut excité contre les promoteurs d'elles. Dans le "Dédicace pour le Pape Clément XI.," attaché au "Compte-rendu de l'état de la religion catholique romaine à travers le monde", de Richard Steele, mais écrit par l’Évêque Hoadly, (voir ses Travaux, Vol. I. p. 537), et d'abord publié dans l'année 1715, ces poursuites sont montrées dans le cours suivant du badin sarcasme. "Parfois nous qui sommes de l’Église établie pouvons diriger une poursuite (car je ne dois pas l'appeler une persécution), sans faire appel à une aide. Mais je dois rendre aux protestants dissidents la justice de dire, qu'ils se sont montrés sur cette occasion, même prêts à nous assister dans un travail si pieux et chrétien, comme d'amener les hérétiques à leur droit esprit, étant eux-mêmes très dernièrement venus à expérimenter la convaincante et instructive faculté d'un donjon ou d'une amande. La différence entre ces deux sortes de personnes est celle-ci : la première diffère de nous au sujet des cérémonies du culte et de la direction, mais ils n'hésitent pas du tout pour la doctrine installée pour nous par nos premiers réformateurs ; c'est tout à leur droit et bien, juste comme Christ laissa dans un premier temps, et Calvin la trouva plus de mile cinq cent années après. Les autres, des hommes pas heureux, considéraient ceci pour laisser passer un moustique, et avaler un chameau. Cependant, la première sorte ayant une tolérance pour leur propre voie, souscrivant à toute notre doctrine, peuvent plus facilement venir pour à se persuader, que le monde Chrétien est perturbé, si la dernière devrait être tolérée dans leur opposition aux doctrines, qui avaient été appelées fondamentales, même par les protestants, pendant tant d'années. Ceci avait été expérimenté en Ireland par une personne qui ne pouvait pas voir exactement ce qu'ils voyaient au sujet de la nature du Christ avant son apparition dans ce monde. Car comme avec vous, un homme avait amèrement blasphémé la Toute Puissance de Dieu, ne magnifiant pas la Virginité, ainsi pour beaucoup d'entre nous il est bien plus innocent et moins hasardeux de prendre de la gloire du Père que de son Fils. Non, d'abaisser le Père au niveau de son fils est un travail recommandable, et les labeurs applaudis de beaucoup d'hommes enseignés pour loisir, mais de placer le Fils au dessus de son propre Père dans tous les degrés de perfection réelle, est une impardonnable erreur, si impardonnable, que toutes les mains étaient unies contre cette homme malheureux, et il trouve après longtemps, qu'il avait amèrement violé tous les commandements de Dieu, alors avait interprété certains passages des Écritures différemment de ses frères. Les non-conformistes l'accusèrent, les conformistes le condamnèrent, la puissance séculaire en fut appelée, et la cause se termina par un emprisonnement et dans une très large amande ; deux méthodes de conviction au sujet desquelles  l’Évangile est silencieux".

M. Emlyn, à son retour en Angleterre, prêcha quelque temps dans une petite congrégation dans Hall Cutler, dans Londres, une fois tous les dimanches, que ce temps pouvait, si possible, être utilement employé. Mais il fit ceci sans aucune rémunération, bien que son revenu ait été grandement réduit par la mort de sa femme, son domaine venant d'elle et son état étant allé à ses enfants. La liberté de prêcher, cependant, dont il jouissait, donnait l'offense à plusieurs du clergé au dessus du parti de la Haute-Eglise, et particulièrement à M. Charles Leslie, qui, dans son "Rehearsal", exprima une grande amertume pour ceci. Il applaudit les dissidents de Dublin pour poursuivre M. Emlyn, qu'ils accusèrent de socinianisme, et dit, "je sais où il habite, si n'importe qui a l'idée de lui parler". L'insinuation contenue dans ces travaux est la plus compatible, du côté de ce haut ecclésiastique parvenu et qui n'a pas juré, parce qu'à la même période qu'il exprimait son empressement à divulguer le retrait de M. Emlyn, qu'il ne fit pas de secret sur son lieu de résidence, il était lui-même effrayé d'être reconnu, et de rester sous le nom dissimulé de White. Dans sa réponse à M. Emlyn, (p.41), Leslie dit, "Vous finissez par une déclaration contre la persécution, mais peu être le cas seulement pour vous-mêmes parmi nos unitariens, et que par les presbytériens, et dans un pays (Ireland) où il n'y a pas de tolérance pour les sociniens. Mais depuis vous êtes venu sous la protection de nos lois, vous avez City Halls pour votre maison de rencontre, et la liberté de prêcher jusqu'à ce que vous soyez las, sans donner aucune rétractation, et pour obtenir tous les prosélytes que vous pouvez, vous n'avez rencontré aucune perturbation, sur ce que j'ai entendu, à moins que vous pensiez que mon écrit contre vos principes soit une persécution, et encore je cours plus de danger pour celui-ci que vous en avez".  

Une autre personne pour qui la liberté de prêcher de M. Emlyn donnait un offense particulière, fut le Révérend Francis Higgins, Recteur de Balruddery, dans le conté de Dublin, qui fut remarqué par ses scandaleuses immoralités et son tempérament turbulent. Cet ecclésiastique se plaignit de l'indulgence étendue à M. Emlyn, d'abord dans un sermon et ensuite dans une application personnelle pour le Dr. Tenison Archevêque de Canterbury. Mais l'Archevêque n'était pas ignorant, soit de ce qui était arrivé à Emlyn pendant sa résidence en Ireland, ou pour avoir rassemblé une congrégation dans Londres et Sa Grâce avait un sens trop haut de son propre honneur, dans la position de dignité qu'il avait tenue dans l’Église, pour molester M. Emlyn, bien que la Lower House of Convocation seconda la plainte de l'ecclésiastique au dessus mentionnée, et, dans une représentation pour la Reine, faite dans le mois de juin 1711, il n'eut pas de scrupules pour affirmer, que "les sermons hebdomadaires étaient prêchaient en défense des principes unitariens". Il est supposé que cette représentation fut levée par le Dr. Francis Atterbury, le Président Officier, dont M. Emlyn rappelait, dans ses "Observations" sur cela, que le "Christ n'a pas été condamné, mais sous une accusation de blasphème, et St. Paul était un pestilent ami, ainsi nous pouvons croire l'éloquent Président Officier pour la Convocation Jésuite", que l'assemblée, qu'il avait levée, était formée non sur des principes unitariens, mais sur des principes catholiques, et que les sermons hebdomadaires dont il est fait allusion étaient prêchés en défense des principes catholiques, les unitariens ayant suffisamment défendus les leurs "d'une manière publique, et toujours et toujours plus ils importunaient la Convocation pour les entendre".

En quelques années seulement le petit troupeau de M. Emlyn fut dissolu par la mort des principales personnes qui le supportaient, et comme il était lui-même à un certain degré handicapé pour utiliser ses membres, il se retira totalement de sa fonction ministérielle, et passa le reste de sa vie dans une comparative obscurité. Mais il eut la grande satisfaction de voir les progrès de cette vérité, pour laquelle il avait écrit et souffert si souvent, s'étendant d'elle-même loin et largement parmi les protestants dissidents, et d'être assuré, par plusieurs de ses premiers auditeurs de Dublin, que le côté odieux, qui d'abord était attaché à ses opinions, était en train de se dégrader, même en Ireland. Pour une considérable proportion de presbytériens et de baptistes, même pour les indépendants, l'antitrinitarisme avait cessé d'être l'effroyable idée qu'elle avait été autrefois, et plus particulièrement après le célèbre rassemblement des Ministres dissidents au Salters'-Hall, quand il fut dit, pas moins expressivement que vrai, par monsieur Joseph Jekyll, Maître des Rolls, que "la Bible l'a porté par quatre" (Whiston's Mem. pp. 220, 221.) Mais même avant cette expression choisie d'opinion sur le sujet d'un teste doctrinal, le principe de souscription aux articles de foi fut virtuellement abandonné, par les Ministres les plus libéraux des trois dénominations. De ceci nous rencontrons d'indéniables preuves dans les écrits des auteurs contemporains. Dans un travail intitulé "Modern Pleas for Schim and Infidelity rewiew'd", l'écrivain dit, "Les enseignants anabaptistes ou indépendants actuels ne souscrivent pas à ces positions, ou articles de foi, comme ceux de leurs prédécesseurs firent : ni les enseignants presbytériens, maintenant, ne souscrivent à ce que leur prédécesseurs (au moins en nom) appelaient les assemblées de confession de foi : et donc nous connaissons autant une perte, à connaître la foi, soit de ceux qui sont positionnés comme dissidents maintenant, comme si ces livres n'avaient jamais été écrits. Si leur foi est la même maintenant comme alors, pourquoi cessent-ils publiquement de la déclarer par souscription ? Si leurs esprits sont modifiés sur certains points, pourquoi ne publient-ils pas ces altérations, et ainsi, comme  le glorieux St. Augustin, n'estiment-ils pas eux-mêmes leurs rétractations ? Ou si, comme certains d'entre eux prétendent, ils sont en accord avec trente six de nos trente neuf articles, pourquoi n'ont-ils pas donné une certaine direction ou autre pour un consentement commun ou public pour eux ? Mais ainsi d'être satisfait d'une simple croyance négative, et d'amener le monde seulement à connaître ce qu'ils nient et discutent avec perversion, tentera un honnête et impartial homme de penser, que soit, ils sont honteux comme un corps, pour détenir leur foi, ou autrement sont si perplexes sur la question, qu'ils ne connaissent pas ce qu'ils croient eux-mêmes". (Pt. i. pp. 48,49.) Encore tels étaient toujours les sentiments de timidité qui dominaient parmi la partie la plus libérale des Ministres dissidents de Londres, et par la crainte d'une ouverte rupture avec leurs frères les plus orthodoxes, aucun d'eux n'avait le courage de demander à M. Emlyn de prêcher pour eux, excepté M. Joseph Burrroughs, et M. (Après Dr) James Foster, le Ministre de la congrégation baptiste de Barbican, qui, pour montrer leur tempérament catholique et esprit chrétien, l'invita plus d'une fois à occuper leur pupitre.  

Dans l'année 1726, à la mort du Rév. James Peirce, d'Exeter, plusieurs, qui avaient pour habitude d'attendre le ministère de cet éminent Divin, exprimèrent le souhait de voir M. Emlyn nommé à sa succession, et certains étapes furent prises dans ce but, mais, dès que cela atteignit les oreilles de M. Emlyn, qu'une telle idée était en considération, il demanda que rien de plus soit fait à ce sujet, assignant comme raison, qu'il se trouvait dans l'incapacité de faire les actifs devoirs du ministère par ces années de déclin et la faiblesse de ses membres. Mais, bien qu'il se retirait totalement de la vie publique, il continua d'être honoré de l'estime et l'amitié de plusieurs personnes d'une grande culture et de positions importantes. Parmi ceux-ci, il y avait M. Whiston, le Dr. Samuel Clarke, et le Dr. James Foster, qui reconnaissaient devoir rappeler sa mémoire par respect.

Dans sa retraite, il devint l'auteur de petits travaux, et s'engagea dans plusieurs controverses sur le fait de ses idées religieuses, particulièrement pour une avec le Révérend David Martin, Pasteur de l'église française de Utrecht, sur l'authenticité de I Jean verset 7. M. Emlyn écrivit deux papiers pour prouver que ce passage était une interpolation. M. Martin le défend en trois, et avait l'honneur d'être laissé en possession du terrain, "dont il a été pensé par beaucoup d'hommes instruits pour être le seul honneur qu'il obtint." Précédemment pour ceci (dans l'année 1706), M. Emlyn publia son "Défense pour l'adoration du Seigneur Jésus Christ sur les principes unitariens", et subséquemment, durant le reste des années de sa vie, il défendit la cause de l'unitarisme dans la voie la plus capable et réussie, par la publication de divers travaux controversés. Mais peut-être aucun de ses écrits n'a autant été  instrumentalisé pour promouvoir ses idées, que le "Narration pour ses souffrances", un livre qui ne peut pas manquer de faire une profonde et durable impression sur tous ceux qui le lisent, comme contenant un exemple de philosophie chrétienne et une grandeur d'esprit, qui ont rarement été surpassés, et comme montrant l'efficacité des pleines et simples doctrines de l’Évangile.  

Dans les deux dernières années de sa vie, M. Emlyn, devint plus faible, et une douzaine de mois environs avant sa mort, son corps reçut un coup violent, dont on suspecta qu'il lui serait fatal, mais autant qu'il retrouvait des forces pour celui-ci, pour être capable de donner la fin des écrits qui s'en suit, sans aucune autre faille pour sa santé. Le temps, cependant, s'approchait maintenant, pour lequel le dernier test de sa fermeté et intégrité devait prendre place, et dans l'année 1741, sa maladie répétitive avait tant esquinté sa constitution et détérioré son cadre, que ses amis entretinrent de fortes impressions qu'il ne devait plus longtemps vivre. Dans le mois de Juillet de la même année, son désordre progressa si rapidement, que sa faible nature ne pouvait plus longtemps poursuivre l'épreuve, et il expira le 30 de ce mois, dans la soixante dix neuvième année de son âge, déclarant avec presque son dernier souffle, qu'aucun moment de sa vie lui donna plus de satisfaction que quand il souffrit si sévèrement pour une bonne conscience. "Il y a", dit-il, le samedi qui précédait sa mort, "une telle chose comme la joie dans le Saint Esprit : je l'ai connue, et ô, combien elle est au dessus de toutes les joies de ce monde!" A la même période il exprima un très reconnaissant sens de la bonté de Dieu, en le supportant et le confortant sur les diverses épreuves par lesquelles il était passé.

Sollom Emlyn, qui écrivit les mémoires de son père, après avoir donné un compte-rendu des derniers moments de son vénérable parent, ajouta, avec une juste et honnête fierté, les pertinentes remarques suivantes. "Ainsi il quitta sa vie en paix, mais pas avant qu'il ait vu le salut de Dieu, par sa propre délivrance des mains de ses persécuteurs, qui étaient aussi solides que lui, et aussi dans la délivrance de ces vérités sacrées, pour lesquelles il souffrit, de l'odieux et du reproche qu'ils avaient longtemps portés sur lui ; car bien qu'il souffrait de troubles, comme un malfaiteur, même dans ses liens, la parole de Dieu n'était toujours pas liée. Il lutta fortement contre la puissance des ténèbres, et devint victorieux extérieurement, il réalisa fidèlement la tâche qui lui fut assignée sans battage ou équivoque, et persévéra dans ceci jusqu'à la fin, ainsi qu'il puisse vraiment dire avec le grand apôtre, 'j'ai combattu le beau combat,  j'ai fini ma course, j'ai gardé la foi', et ne pose pas la question, 'il a cependant porté sur lui 'une croix de vertu,' comme telles de ceux qui ont été persécutés pour des positions vertueuses, notre Seigneur nous l'a assuré, que grande sera leur récompense dans le ciel". 

M. Whiston, dès qu'il entendit parlé de la mort de Emlyn, adressa au fils de son "grand et bon ami" la lettre suivante de condoléance.

"Lyndon, le 15 août 1741. Cher monsieur, je n'ai pas reçu votre mélancolique lettre, avant le même jour que les nouvelles publiques nous informaient de la mort de votre père, bien que John nous avait donné notification d'elle avant. Je fais sincèrement condoléance avec vous, ses autres parents et amis, pour la perte d'une personne que nous aimions tous beaucoup et justement, sur le compte de sa parfaite intégrité, de son fort jugement, de son grand courage et d'un tempérament Chrétien, qui était particulièrement montré en faisant un bonne confession de certaines des plus importantes vérités de notre sainte religion, et non pas seulement de la dernière, quand cette confession est (Dieu soit loué) non pour une si maladive réputation, ou si dangereuse, mais quand elle était sous une grande ignominie, et exposait les hommes à de terribles punitions. Par conséquence, je regarde sur ses pertes et souffrances en Ireland comme proches du martyr, pour lesquelles il étaient bien préparé, et je l'estime comme le premier et le principal confesseur avec nous, pour ces articles du christianisme primitif : aucun qui sont du Dr. Clarke, ou M. Jackson, ou moi-même, ou M. Tomkins, ou M. Gibbs, etc. ont échoués sur le même compte, pour leur être comparés. Quand j'étais dans Londres je devais facilement lui offrir l'aide que j'étais capable, bien que peut-être que cette fièvre qui l'emportait, ne lui permettait pas totalement de se joindre à de telles dévotions, alors sans quoi il était hautement disposé et désireux dans la dernière période de sa sainte vie. Cependant, depuis maintenant plusieurs années, qu'il avait attendu le jour de son appointement, quand son grand changement devait venir, et après une telle incurable infirmité comme il avait eu depuis longtemps, vous ne devriez pas être surpris de sa mort, puisque à 78 ans il est venu à son plein âge, 'comme alors un choc pour le corps venait dans cette période'. Puisque son habituelle préparation et non commun degré de piété étaient toujours aussi remarquables, il n'y a pas de doute qu'il est maintenant où tous les bons hommes désirent être, et dans ce pays de promesse, où aucun tourments ne peuvent les toucher. Ni même, nous devrions nous attrister pour n'importe quel bon chrétien, comme pour d'autres "qui n'ont pas d'espoir" dans leur mort, beaucoup moins pour un aussi éminent et religieux chrétien comme votre père l'était, ni en effet comme les anciens religieux patriarches semblaient être si disposés à mourir, comme les bons chrétiens le sont dans nos derniers temps. Et comme les martyrs, ils étaient emmenés à leurs tombeaux, quand il leur était rien permis, avec hymnes et prières pour échapper aux misères de ce monde pêcheur, et le jour de leurs martyrs étaient appelés le jour de leur nativité, et célébré annuellement avec grande joie.

Votre affectueux ami et serviteur, Will. Whiston". 

Ses restes furent enterrés dans le cimetière de Bunhillfields, et il fut à la base prévu, qu'une épitaphe en latin soit inscrite sur sa pierre tombale. Mais cette intention fut abandonnée, et une autre en anglais se substitua à sa place. Les deux sont données en sa mémoire par son fils, pour qui elles sont transférées sur le compte du Dr. Kippis à son sujet dans la "Biographie Britannique". 

Les compositions de M. Emlyn sont remarquables de clarté, et forces d'arguments. Ses sentiments sont intelligemment exprimés, son langage coule facilement et naturellement, et ses appels pour les passions, dans ses discours publiés, souvent se levèrent d'un haut effort d'éloquence. Ses écrits controversés furent publiés, durant le temps de sa vie, sous le titre suivant. "Une collection de papiers, parlant de la déité, du culte et de la satisfaction du Seigneur Jésus Christ, etc., en deux volumes par Thomas Emlyn, Londres, 1731." Mais la meilleure édition de ses papiers est la quatrième, qui fut publiée dans l'année 1746, en deux volumes, 8 vo., et à laquelle il fut rattaché les mémoires de sa vie et écrits par son fils, Sollom Emlyn, qui fut levée de la Loi, et devint un éminent conseillé. Les suivants sont leurs titres, avec les dates originales de publication. 

Vol I.-1. Une Vraie Narration pour les procédures des Pasteurs dissidents de Dublin contre M. Thomas Emlyn, et pour ses poursuites (à l'instigation de certains dissidents) dans la court séculaire, et ses souffrances, pour son "Humble recherche dans les Écritures sur Jésus Christ:" Année 1702, 3, 4, 5. Pour lequel il ajoute un appendice contenant les propres auteurs, et les comptes-rendus des différents Pasteurs pour la différence entre lui et eux, avec quelques remarques. 1719. 

2. Un humble questionnement dans récit de l’Écriture sur Jésus Christ : ou un court argument concernant sa déité et gloire, selon l'Evangile. 1702.

3. Remarques générales pour notre Béni Sauveur, auxquelles il ajoute, un examen de la réponse de M. Boyses pour l'objection de Matthieu 24: 36, et Marc 13: 32. "Personne ne connaît le jour, pas même le Fils, mais le Père seulement:" et aussi une courte réflexion sur l'argument de M. Boyses pour la suprême déité de Jésus Christ, pour la création de toutes les choses qui lui sont attribuées. 1706. 

4. Une défense pour l'adoration du Seigneur Jésus Christ, sur les principes unitariens : en réponse pour ce qu'il disait sur ce chef, par M. Jos. Boyse, dans sa "Revendication pour la déité de Jésus Christ", à laquelle il est annexé, une réponse au Dr. Waterland sur le même titre. 1706. 

5. La suprême déité de Dieu le Père démontrée : en réponse à la suprême déité de Jésus Christ du Dr. Sherlock, ou tout ce qui peut être exhorté contre la suprématie de la première personne de la Sainte Trinité. 1707.

6. Une brève défense pour l’Évêque de Glocester du discours concernant le décente de l'homme Jésus Christ du Ciel, etc., du Dr. Sherlock, le doyen de l'accusation d'hérésie de St. Paul : avec une réfutation de sa nouvelle notion dans son dernier livre "Les Écritures - Preuves de la divinité de notre Sauveur". 1707. 

7. Une lettre pour le Révérend et Dr. Willis, Doyen de Lincoln, étant quelques remarques amicales sur son sermon devant la Honourable House of Commons, le 5 Novembre 1705. 1705. 

8. La question précédente pour les sévères questions au sujet de la validité et l'invalidité du baptême, etc., considérées : nommément. S'il y a une quelconque nécessité (sur les principes de l'histoire du baptême des enfants de M. Wall) pour la continuelle utilisation du baptême parmi la postérité du baptême des chrétiens ? 1710. 

Vol. II-1. Remarques sur le premier dialogue sur la controverse socinienne de M. Charles Leslie. 1708. 

2. Une défense pour les "remarques sur le premier dialogue sur la controverse socinienne de M. Charles Leslie". 1708. 

3. Un examen du dernier dialogue de M. Leslie, relatant de la satisfaction de Jésus Christ : avec quelques remarques sur "Les vraies raisons des souffrances du Christ", du Dr. Stillingfleet. 

4. Un plein questionnement sur l'autorité générale de ce texte, I Jean verset 7, "ils sont trois qui portent témoignage dans le ciel, etc., "contenant un compte des évidences de l'antiquité pour et contre ses états véritables du Dr. Mill, avec un examen de son jugement : humblement adressé aux deux Houses of Convocation: avec un Post-scriptum en réponse aux excuses offertes pour supprimer la force de ce message. 1715. 

5. Une réponse à "Discussion critique sur I Jean 5:7, ils sont trois qui portent témoignage dans le ciel, etc.", de M. Martin, montrant l'insuffisance de ses preuves, et les erreurs de ses suppositions, par lesquelles il essayait d'établir l'autorité de ce texte de supposés manuscrits. 1718.

6. Une réponse à l'examen pour la réponse pour sa dissertation sur I Jean 5: 7 de M. Martin. 1720. À cette réponse il ajoute un post-scriptum, contenant trois lettres. Une du Père Le Long, Prêtre de l'Oratoire de Paris, pour M. Martin, relatant de MSS de R. Stephens. Deux de M. La Croze, librairie documentaliste du Roi de Prusse à Berlin, relatant pour le MSS Dublin et Berlin. 1746. 

7. La Nouvelle théorie sur la Trinité du Dr. Bennet : ou, certaines considérations sur son discours de la toujours heurtée Trinité dans l'unité ; et son examen de l'écriture - doctrine de la Trinité de Clarke. 1718.

8. Remarques sur un livre, intitulé, "La doctrine sur la Trinité bénie déclarée et défendue", par quatre Ministres londoniens, M. Tong, Mr Robinson, Mr Smith, et Mr Reynolds : avec un appendice concernant l'égalité des trois personnes, et témoignage pour la doctrine primitive dans son point de Mr. Jurieu. 1719.

9. Le Révérend, Mr Trosse répondit à ses arguments, relatant du Seigneur Jésus Christ et la déité du Saint Esprit, pris de son catéchisme, et sermon sur Luc XXII 31, édité à Exon. 1719. 

10. Observations sur les notions en relation du Polythéisme, Dithéisme, la consubstantialité du Fils avec, et infériorité pour le Père du Dr. Waterland : étant quelques courtes notes laissées imparfaites par l'Auteur. Ces observations furent écrites dans l'année 1731. 

11. Mémoires sur la vie et les sentiments du Révérend et Dr. Samuel Clarke. 1731. 

En adition de la précédente "Collection de papiers", un volume des sermons de M. Emlyn fut publié par son propre fils, dans l'année 1742. Ils sont au nombre de 80, et principalement sur la nature de la pratique. Tous étaient à titre posthumes, à l'exception des deux premiers. La forme de ceux-ci était prêchait à Dublin, le 4 octobre 1698, devant la société pour la réformation des manières : et le dernier était le premier sermon que l'auteur prêcha après la mort de sa femme, et est intitulé "Consolations funéraires".