Best Paul fut accusé, à la barre de la House of Commons, durant le Long Parliament (Long Parlement), d'avoir appliqué les épithètes les plus profanes à la doctrine de la Trinité, dans certains manuscrits, qui ont été trouvés en sa possession,  l'appelant un mystère de l'iniquité, un monstre à trois têtes, une fiction, une tradition de Rome, monstrum biforme et triforme, et en utilisant, en référence à elle, d'autres expressions de même nature. Pour cela, il fut placé à la GateHouse (prison), et devait, selon toute probabilité subir la mort, s'il n'expliquait pas ces écarts de mots offensants. Mais en faisant quelques concessions verbales aux personnes nommées pour discuter avec lui sur le sujet, son procès fut ajourné, et on supposa, après longtemps, qu'il fut déchargé de ses accusations. L'ensemble du compte-rendu imprimé des procédures engagées contre lui, qui a atteint notre temps, se trouve dans les "Mémoires des affaires anglaises sous le règne de Charles I" de locke. Elles s'étendent sur une période de plusieurs mois et fut  cause de beaucoup d'inquiétudes et d'embarras pour la House of Commons et l'assemblée des Théologiens. Ce qui suit est la première allusion à son cas par locke. 

Le 28 janvier 1641. "Le jour de la diète mensuelle, dans la soirée,  la Chambre se réunit et entendit du Committee of Plundered Ministers (comité des Ministres pillés), les blasphèmes d'un certain Paul Best, qui niait la Trinité de la Dieu, la déité du Christ et le Saint-Esprit, la House ordonna qu'il soit étroitement emprisonné, et une ordonnance devait être amenée pour le punir de la mort". (Mém., & c. p. 198). Il est probable que cette ordonnance ne fut jamais adoptée, car l'assemblée des Théologiens, dans leur tentative sanguinaire contre Biddle, jugea nécessaire de solliciter  le Parlement, et de procurer une ordonnance drastique, (2 mai 1648), pour infliger la peine de mort à ​​ceux qui ont des opinions contraires aux idées des presbytériens, sur la Trinité et d'autres doctrines, qu'ils nommèrent les blasphémateurs et les hérétiques. "Nous n'avons par ailleurs aucune preuve que cet ordre de la House fut effectif dans les faits. Mais qu'il l'a été ou non, il y a que de rares exemples législatifs qui dépassaient cette conception du Long Parliament pour détruire un prisonnier par une loi ex-post facto comme pour un faux prophète ? La réponse fut: 'Le Christ dans l'Évangile a modéré les choses: l'adultère est mort en vertu de l'Ancienne Loi, et encore, le Christ laissa partir la femme qui avait commis l'adultère. Et c'était donc dans ce cas'. Un de ces citoyens m'a dit aussi, qu'il parlait de ces choses à un autre Ministre indépendant, qui répondit pour la même fin, 'que le magistrat ne devrait pas sanctionner une telle  chose', ajoutant, 'Le magistrat n'avait rien à voir en matière de religion, mais dans les choses civiles seulement'". (Gangraena, P. i. Lettres, & c. p. 46.) Cette conversation semble avoir eu lieu environ six semaines avant que l'affaire de Paul Best soit portée devant la Chambre, dans le rapport du Committee of Plundered Ministers, et ce qui  suit, qui est aussi relaté  par l'auteur de "Gangraena", se passa probablement moins d'une quinzaine de jours après que certains membres de la Chambre furent nommés pour discuter avec lui et le convaincre de ses erreurs.

Ce qui suit sont les autres éléments produits par  locke, en référence à l'affaire de Paul Best.

Le 16 février. "Le Committee of Plundered Ministers reçut l'ordre de dresser une ordonnance pour punir Paul Best pour ses blasphèmes". (P. 198).

Le 28 mars. "Débat sur ​​les blasphèmes de Paul Best. Les Théologiens furent commandés d'avoir une discussion avec lui, de le convaincre de son péché et qu'une accusation soit retenue contre lui". (P. 204).

Le 3 avril 1646. "Paul Best fut amené à la barre, pour entendre son accusation, et de par sa réponse il confessa la Trinité, et espérait être sauvé là, mais il nia les trois Personnes  comme un article jésuitique. Une journée fut fixée pour déterminer cette entreprise, et en même temps certains membres de la Chambre furent nommés pour discuter avec Best, pour le convaincre de ses erreurs". (P. 205).

"Une personne de qualité et un homme pieux me dit (le 15 avril), m'ayant rencontré accidentellement dans Westminster Hall, juste à l'instant (dit-il), prêt de la porte de la House of Commons, j'ai discuté avec un autre grand sectaire (c'est-à-dire, un des fabricants de disciples, et présentement l'homme venait dans le Hall avec un autre grand sectaire et me présenta à lui), et la discussion qui suivit était comme suit : 'Qu'il serait peu disposé que le Parlement porte sur lui le sang de Paul Best pour avoir nié la Trinité'. Après quoi ce gentleman lui répondit, qu'il devrait clairement prouver dans les Écritures une Trinité de personnes. A quoi se sectaire répondit : 'Comment prouverez-vous que les Écritures sont la Parole de Dieu ?' et le sectaire raisonna contre elles, disant : "Il y avait une vingtaine de différentes Écritures, comme autant de traductions, et les traductions ne sont pas vraies, car ainsi les Prêtes nous diront, que ce n'est pas rigoureusement traduit, et pour les originaux, il y a des copies, une fois comparées, que je ne peux pas comprendre et ce n'est de ma faute, si je ne le peux pas : En somme, l'homme raisonnait qu'il n'y avait pas de religion dans tout dans le royaume, mais toute religion qu'il connut était, de faire justement, et d'être bon. A qui le gentleman répondit : 'Les païens étaient justes et bons et en cela ils font aussi bien que vous.' Ce sectaire se réjouit : "Pourtant il devrait être su, que les païens ont été sauvés aussi bien que maintenant". (Pt. ii. P. 123). 

Edwars publia la seconde partie de son "Gangraena" dans l'année 1646, et pour le passage suivant, il semblerait, que Paul Best était alors en prison attendant sa sentence de la House of Commons, et sous le débat, il apparut un pamphlet censurant leurs procédures contre lui, alors craignant que la sentence puisse être: affirmer la possibilité d'une repentance hérétique aussi longtemps qu'il vivrait, et par tous les moyens le faire mourir dans l'hérésie, autant que eux dans leur mensonge, pour efficacement le damner éternellement: et consécutivement, que ce Paul Best (si son erreur est toujours), aussi bien que pour l'apôtre Paul, qui d'abord était un blasphémateur, puisse un jour se convertir, s'il n'est pas prématurément mort de faim avant". (P. 129).  

"Les sectaires en général", dit Edwars dans un autre endroit, (p. 11), "ne peuvent pas supporter qu'un homme qui parle contre, ou qui se plaigne de l'autorité de quiconque aborde des erreurs (bien que jamais aussi grandes) comme par exemple, un pieu chrétien compréhensif me disait dans ces trois jours, qu'en raison qu'il se plaignait d'un homme qui niait que le Fils et le Saint Esprit soient Dieu, cependant, les Indépendants et tous les sectaires, parmi lesquels il vivait, le détestaient mortellement et l'injuriaient, et dès le moment que des nouveaux livres hebdomadaires firent mention d'un vote passé dans la House of Commons pour établir une ordonnance contre Paul Best, que l'anti-trinitaire et le blasphémateur, certains des sectaires parlent audacieusement et amèrement contre lui, disant qu'ils seraient peu disposés pour n'importe lequel d'entre ceux qui souhaiterait donner une voix, ou d'avoir une position dans la procédure engagée contre lui, avec d'autres mots à cet effet".

La seule inscription additionnelle que fit locke, après cette période, pour l'affaire de Paul Best, est datée du 24 juillet 1647 ; et de celle-ci, il apparaît, qu'un parlementaire ordonna, après un long questionnement, de brûler, pas l'homme en soit, mais l'un de ses pamphlets, et de punir l'imprimeur. (P. 263.) Ici, des enregistrements contemporains, autant qu'ils sont venus pourtant à la lumière, nous sont parvenus. En premier, une ordonnance fut portée immédiatement pour punir le délinquant de mort: une seconde idée, cependant, une ordonnance devait être établie par un Comité pour le punir, mais la nature de la punition est laissée à la discrétion du Comité : après ceci, certains Théologiens ordonnèrent de s'entretenir avec lui, dans le but de le convaincre de son péché, et une accusation d'une certaine sorte soit préférée contre lui, comme le résultat de cette discussion: quand il fut appelé à la barre de la House of Commons pour entendre l'accusation, et retournant une évasive réponse, ayant été donnée pour comprendre que cette dernière serait satisfaite avec une excuse: finalement, la House fixa un jour pour porter la matière à conclusion, mais ce jour ne vint pas. Dans le même temps, cependant une délégation de membres (non, comme avant, de Théologiens) reçut l'ordre de s'entretenir avec lui et de le convaincre de ses erreurs, et après un intervalle de plus de quinze mois, durant lesquels il a probablement langui en prison, il apparut un parlementaire ordonnant de brûler un pamphlet de Paul Best et que l'imprimeur soit puni". Mais ce qu'est devenu l'auteur, cela reste inconnu à ce jour. Il est possible que le Révérend Joseph Hunter, qui, est en possession de certains curieux documents relatant de cette intéressante affaire de persécution protestante, qu'un jour puisse les donner en public, et ainsi éclaircir le mystère qui plane toujours sur le destin de Paul Best".

(Vidend. Edwards's Gangrajna, Pt. i. pp. 32, 33 ; Letters, &c. p. 46; Pt. ii. pp. 123. 129. NeaTs Hist, of the Puritans, Vol. III. p. 315. HorniiHist . Eccles. pp. 634. 644. locke's Memorials, Ed. 1682, l . c. Mon. Repos. Vol . VIII. (1813) p. 109.)